Focus sur…Prévenir et maîtriser les risques liés à la présence de pesticides et de leurs métabolites dans l’eau destinée à la consommation humaine
La mission IGEDD–IGAS-CGAAER menée de septembre 2023 à juin 2024 avait pour objet la gestion des non-conformités de substances phytosanitaires et de leurs métabolites dans l’eau destinée à la consommation humaine (EDCH).
Les pesticides désignent des substances chimiques très hétérogènes tant du point de vue de leurs structures chimiques, de leurs propriétés que de leur mode d’action sur les organismes cibles. Ils regroupent les produits biocides ainsi que les produits phytosanitaires. Principalement utilisés en agriculture, ces derniers servent à la protection des végétaux contre les organismes nuisibles qui les affectent. Leur usage très répandu conduit à des rejets chroniques et diffus vers les milieux naturels. Leur présence dans l’eau est due à leur entraînement par ruissellement ou à leur infiltration dans les sols.
Une molécule-mère de pesticide peut se dégrader en un ou plusieurs métabolites, eux-mêmes susceptibles ensuite de se dégrader en d’autres molécules. Comme les substances actives dont ils proviennent, les métabolites de pesticides ont des effets nocifs sur la santé et sur l’environnement.
Sont qualifiés de « pertinents » les métabolites qui « représentent, pour les organismes, un risque plus élevé que la substance mère ou un risque comparable, ou s’ils possèdent certaines propriétés toxicologiques qui sont considérées comme inacceptables (Définition de la pertinence selon le règlement européen sur les pesticides) ».
Les objectifs assignés à la mission étaient les suivants :
- caractériser l’ampleur de la problématique, analyser la stratégie de gestion nationale ainsi que sa mise en œuvre territoriale et les difficultés rencontrées
- analyser la mobilisation de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES) et identifier les éventuels leviers d’amélioration
- réaliser une estimation des coûts nécessaires pour améliorer la qualité de l’eau potable dans des délais compatibles avec la réglementation européenne, les comparer aux coûts des mesures de prévention de la qualité des eaux brutes destinées à la production d’eau potable et identifier les sources de financement de ces mesures
- procéder à une comparaison avec d’autres États-membres de l’Union européenne.
Ses travaux ont notamment permis d’alimenter le Groupe National Captages (GNC) en charge d’élaborer en 2025 le Plan Eau puis la feuille de route « Captages » et un arrêté déterminant les paramètres et seuils pour la définition des points de prélèvement sensibles (lien avec les mesures 23 et 28 du Plan Eau) accompagné d’un guide méthodologique. Cet arrêté est toujours en cours d’élaboration.
Les recommandations émises dans ce rapport ont également permis de nourrir les débats parlementaires autour de la proposition de projet de loi (PPL) déposée par le député Raux relative à la protection des captages. Cette PPL débattue au sein de l’hémicycle le 12 février 2026 a finalement été retirée par son rapporteur, ce dernier estimant que les amendements apportés l’avaient vidée de sa substance.
1er constat : La surveillance et le contrôle des eaux brutes et distribuées révèlent depuis peu la présence généralisée de métabolites de pesticides
Les analyses disponibles révèlent que la qualité des eaux brutes est dégradée voire très dégradée dans plusieurs départements et pourrait impacter à court terme l’alimentation en eau potable
Les résultats du contrôle sanitaire révèlent la détection généralisée de métabolites de pesticides dans les eaux distribuées. Ce sont des métabolites qui n’étaient pas recherchés jusqu’alors et qui pour certains sont présents dans les milieux depuis en fait plusieurs années (comme par exemple le Chlorothalonil R471811 (Le chlorothalonil est utilisé depuis 1969 comme fongicide sur de nombreuses cultures : blé, seigle, orge, pommes de terre, tomates…) – cf. carte ci-dessous).
Des concentrations moyennes supérieures à 0,1 µg/l sont relevées dans les installations de production d’EDCH, dans la plupart des 95 départements français. Les 12 départements où l’on n’observe pas de dépassement de cette limite sont majoritairement situés dans la partie Sud de la France où il y a peu de grandes cultures (et donc d’utilisation du chlorothalonil).
Les départements qui sont concernés par des concentrations moyennes les plus élevées sont l’Aisne, le Calvados et l’Eure-et-Loir. Si sa mise en évidence est récente, cette situation est probablement en réalité plus ancienne, en lien avec la production de betteraves sucrières.
2ème constat : La gestion des non-conformités pose de réelles difficultés aux acteurs de terrain surtout lorsque les règles de gestion ne sont pas stables
L’analyse des textes régissant la présence des pesticides et de leurs métabolites fait apparaître plusieurs problématiques relatives à la gestion des non-conformités. La directive européenne de 2020 sur les eaux destinées à la consommation humaine est très précise mais ne repose pas toujours sur de solides bases scientifiques. En particulier, la limite de qualité de 0,1 µg/l pour les pesticides et les métabolites pertinents a été fixée en vertu du principe de précaution et en fonction du seuil de détection qu’il était techniquement possible de mesurer dans les années 70 et non en fonction de considérations sanitaires. En parallèle, il ne s’applique qu’aux métabolites pertinents, détectés et quantifiés, dont la présence dans l’eau est jugée « probable » par les autorités sanitaires. Le soin d’apprécier le caractère pertinent d’un métabolite est laissé aux États-membres, ce qui conduit à des différences d’appréciations au sein de l’Union européenne (UE). C’est pourquoi la mission préconise que le ministère de la Santé propose que soit élaborée une méthodologie unique d’évaluation de la pertinence d’un métabolite au niveau européen. Elle recommande également que la détermination des valeurs toxicologiques de référence, à partir desquelles peuvent être valablement établies des valeurs de gestion, soit répartie entre les États-membres sous l’égide de l’Autorité européenne de sécurité des aliments afin qu’elles puissent être établies en même temps que l’autorisation de la substance.
Dans ce contexte, la gestion des non-conformités pose de sérieuses difficultés aux acteurs de terrain, à savoir les « Personnes responsables de la production et de la distribution de l’eau » (PRPDE) , préfets et Agences régionales de santé (ARS) : les règles de gestion sont difficiles à appliquer ou lacunaires, et les autorisations exceptionnelles et les dérogations engendrent une lourde charge administrative sans grande valeur ajoutée. S’agissant des règles de gestion, les résultats des expertises peuvent être amenés à évoluer en fonction des informations reçues par l’Anses, ce qui peut avoir des incidences sur le caractère pertinent d’un métabolite. Les règles relatives aux métabolites non pertinents peuvent conduire à une impasse dans la mesure où la valeur indicative maximale (Vmax), fixée en 2019 à 0,9 µg/l à la suite d’une expertise de l’Anses, risque de ne pouvoir être atteinte qu’à long terme pour de nombreux métabolites, le temps que des traitements efficaces soient mis en place. Les règles de gestion relatives à la présence simultanée de substances ou à des substances jugées pertinentes ne disposant pas de Vmax ne sont pas encore établies. C’est pourquoi la mission estime indispensable que la Direction générale de la santé (DGS) propose aux ARS des règles de gestion communes – y compris provisoires – pour les métabolites de pesticides non pertinents de substances actives désormais interdites et pour les non-conformités portant sur des substances ne disposant pas de Vmax et qu’elle s’appuie sur l’avis à venir du Haut conseil de la santé publique (HCSP) s’agissant de la présence simultanée de plusieurs substances.
Par ailleurs, afin que les consommateurs soient mieux informés, la mission estime indispensable d’améliorer l’ergonomie du site du ministère de la Santé et de la Prévention, que soit publiée sur ce site et sur le site de chaque ARS la liste des molécules recherchées et qu’un modèle unique d’ « info facture », synthèse sur la qualité de l’eau qui lui a été délivrée l’année précédente reçue par chaque abonné avec sa facture d’eau annuelle, soit proposé. Les ARS devront en outre veiller à ce que toutes les PRPDE respectent leurs obligations d’information des consommateurs en cas d’EDCH non conformes.
3ème constat : Des mesures curatives et préventives sont indispensables pour répondre au défi de la qualité des EDCH
Face à la situation dégradée décrite ci-dessus, les PRPDE sont contraintes de mettre en œuvre à court terme des mesures curatives. Mais l’efficacité des filières de traitement varie selon les molécules à traiter et leurs concentrations : les traitements d’adsorption sur charbon actif permettent d’obtenir des rendements significatifs d’élimination des métabolites qui étaient les plus détectés ces dernières années. Cependant, ce n’est pas le cas pour tous les métabolites. Les techniques de traitement membranaire avancé offrent les meilleures performances lorsque de nombreux paramètres sont présents simultanément, mais elles coûtent entre deux et trois fois plus cher. Cet écart de coût s’accentue pour les plus petites unités de traitement en raison des économies d’échelle plus importantes pour les filières membranaires. L’impact sur le prix de l’eau sera donc très différent selon la taille des PRPDE et selon les secteurs géographiques en fonction des techniques adaptées aux contaminations observées.
Afin de réduire la charge supportée par les consommateurs, les agences de l’eau doivent pouvoir continuer à financer des mesures curatives dans les territoires ruraux, mais il est indispensable pour ce faire d’augmenter leurs recettes obtenues par la redevance pour pollution diffuse. En outre, l’investissement dans les unités de traitement ou dans des réseaux d’interconnexion (réseaux permettant de relier de manière réciproque plusieurs unités ou réseaux de distribution d’eau distincts) doit constituer une priorité d’affectation de la Dotation d’équipement des territoires ruraux (DETR) et de la Dotation de soutien à l’investissement local (DSIL) en 2025. En sus, une contribution apportée par le ministère en charge de l’agriculture est d’ores et déjà prévue dans le cadre de la mise en œuvre de la stratégie Ecophyto 2023. Un financement public aux investissements à un taux d’autant plus élevé que la densité de population desservie est faible doit ainsi pouvoir être apporté par un co-financement jusqu’à concurrence de 80 % de subvention, assuré par l’État, l’agence de l’eau et le conseil départemental. Le solde du financement pourrait être assuré par la Banque des territoires par un prêt à très long terme.
Les principales recommandations :
Ayant constaté l’échec global de la préservation de la qualité des ressources en eau pour ce qui concerne les pesticides malgré quelques progrès localisés d’ailleurs souvent très lents, la mission propose d’instituer une zone soumise à contrainte environnementale (ZSCE) et de mettre en place, par arrêté, un programme d’actions avec objectifs et indicateurs de résultats sur toutes les aires de captages en dépassement ou proches des limites de qualité pour les pesticides et leurs métabolites. En cas de non atteinte des objectifs de qualité à l’issue du premier plan, un arrêté doit mettre en place, sans délai, un programme de mesures obligatoires de restriction voire d’interdiction d’usages des produits phytosanitaires sur ces aires, accompagné d’indemnités compensatoires pour les agriculteurs concernés. De manière générale, la mission estime que la politique de protection des captages est à refonder, grâce à une coordination renforcée entre les services de l’État concernant les arrêtés pris au titre du double dispositif de déclaration d’utilité publique et de ZSCE. À terme, la mission préconise un seul acte réglementaire de protection des captages.
Enfin, la mission considère que la reconquête de la qualité des EDCH passe par des mesures préventives ambitieuses, à mettre en place d’urgence : interdire dans les autorisations de mise sur le marché (AMM) les usages sur les aires de captages d’eaux souterraines des produits phytopharmaceutiques (PPP) contenant des substances générant des métabolites à risque de migration vers les eaux dans des concentrations supérieures à la limite réglementaire et augmenter le taux de la redevance pour pollution diffuse en élargissant son assiette aux produits biocides.
Le plan stratégique national de la politique agricole commune (PAC) et les agences de l’eau devraient renforcer l’accompagnement de l’évolution des pratiques, le premier en valorisant davantage l’agriculture biologique sur les aires d’alimentation de captages (AAC), les seconds en augmentant les moyens consacrés à la réduction des pollutions par les pesticides et en les concentrant sur les AAC les plus sensibles dans des contrats territoriaux portant sur les mesures les plus efficaces pour réduire la pression phytosanitaire : conversion à l’agriculture biologique, cultures à bas niveau d’intrant, paiements pour services environnementaux spécifiques eau en systèmes de grandes cultures, infrastructures agroécologiques pour limiter les transferts, actions foncières dans les périmètres de protection rapprochée des captages, actions d’animation et de conseil aux agriculteurs (avec un financement lié à des objectifs de résultats).
Les auteurs
- Patrick Lavarde, Adèle Veerabadren de l’IGEDD
- Maryse Fourcade, Valérie Gervais, Frédérique Simon-Delavelle de l’Igas)
- Alain Joly du CGAAER